時間のずれる件、調べた処、WindowsとLinuxの時間管理の違いによるものです。
windowsはMS−DOSの時代の時間管理方法を引きずっていて、Linuxとは違う管理方法を取っています。
↓が参考になるかと思います。
https://vz-shark.hatenablog.com/entry/2018/10/05/181118↑でも書かれてますが、コマンドラインで修正することが出来ます。(root権限とらなきゃいけないけど)
コマンドも一行なので、次のバージョンアップで検討しようと思ったのですが、試しにやってみたところ変更は出来るのですが同時に
「この時間設定はシステムでも色々と使っているので、変更すると支障があるかもしれないから、元に戻したほうがいいんじゃないか(意訳)」
と警告が出るので、やめました。
少し知識があればこのコマンドをユーザーレベルでも実行できますが、出来ればやらないほうがいいのじゃないかと思います。
USBをWaffle Cell機に挿すのではなく、Windowsからファイルサーバー機能でファイルをコピーすればタイムスタンプもWindowsと同じ時間になりますので、そのように運用するのがよいかと思います。